1、水利基金计算方式是按上月销售收入或营业收入的3%计征。水利基金是用于水利建设的专项资金，由中央水利建设基金和地方水利建设基金组成。中央水利建设基金主要用于关系国民经济和社会发展全局的大江大河重点工程的维护和建设。
2、地方水利建设基金主要用于城市防洪及中小河流、湖泊的治理、维护和建设。跨流域、跨省(自治区、直辖市)的重大水利建设工程和跨国河流、国界河流我方重点防护工程的治理费用由中央和地方共同负担。
法律依据：
《水利建设基金筹集和使用管理暂行办法》第三条
中央水利建设基金的来源：
(一)从中央有关部门收取的政府性基金(收费、附加)中提取3%。应提取水利建设基金的中央政府性基金(收费、附加)项目包括：车辆购置附加费、港口建设费、铁·建设基金、市话初装费、邮电附加、中央分成的电力建设基金。
(二)经国务院批准的其他可用于水利建设基金的资金。
第四条 地方水利建设基金的来源：
(一)从地方收取的政府性基金(收费、附加)中提取3%。应提取水利建设基金的地方政府性基金(收费、附加)项目包括：养·费、公·建设基金、车辆通行费、公·运输管理费、地方交通及公安部门的驾驶员培训费、地方分成的电力建设基金、市场管理费、个体工商业管理费、征地管理费、市政设施配套费。
(二)有重点防洪任务的城市要从征收的城市维护建设税中划出不少于15%的资金用于城市防洪建设。具体比例由省、自治区、直辖市人民政府确定。 有重点防洪任务的城市包括：北京、天津、沈阳、盘锦、长春、吉林、哈尔滨、齐齐哈尔、佳木斯、郑州、开封、济南、合肥、芜湖、安庆、淮南、蚌埠、上海、南京、武汉、黄石、荆州、南昌、九江、长沙、岳阳、成都、广州、南宁、梧州、柳州市，以及省、自治区、直辖市人民政府确定的有重点防洪任务的城市。
(三)经省、自治区、直辖市人民政府批准征收的用于水利工程和防洪设施建设的各项基金(资金、附加、收费)，统一纳入地方水利建设基金。
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