确权时才发现土地被侵占怎么处理

确权时才发现土地被侵占，可以向加害人主张返还原物，停止侵害的物权请求权，对方拒不履行返还义务的，可向人民法院提起诉讼，还可以向当地的国土局投诉反映情况。
非法占有土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
法律依据：
《土地管理法》第七十七条　
未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
超过批准的数量占用土地，多占的土地以非法占用土地论处。