两者主要有以下区别:
1、所处的土地市场不同。国有土地租赁属于土地一级市场;国有土地使用权出租属于土地二级或者三级市场。
2、法律关系主体不同。国有土地租赁的主体是土地所有者与土地使用者。国有土地使用权出租是在土地使用者之间进行,其出租人是通过划拨、出让(或转让)取得土地使用权的受让人;承租人为取得一定年限的土地及地上建筑物、其他附着物的全部或者一部分的使用权,并定期向出租人支付租金的行为主体。
3、土地使用者的权益不同。根据《规范国有土地租赁若干意见》的规定,以国有土地租赁方式取得承租土地使用权的承租人在按规定支付土地租金并完成开发建设后,经土地行政主管部门同意或根据租赁合同约定,可将承租土地使用权转租、转让或抵押。承租土地使用权转租、转让或抵押,必须依法登记。