1、 农村土地经营权作为抵押品处置难度较大。据调查，土地经营权处置难是目前涉农银行业机构不愿开办土地经营权抵押贷款业务的主因。土地经营权可流转之后，不能改变所有权性质和用途;同时，由于目前流转市场发育缓慢，缺少权威的流转中介，土地经营权流转主要采取自行协商的方式，流转信息不畅。一旦经营户出现贷款违约，银行难以处置抵押的土地经营权，土地经营权难以变现。农村土地承包经营权变现力差，较大程度上制约了金融机构开展农村土地承包经营权抵押贷款的积极性。
2、 办理抵押登记手续困难，土地专业评估机构缺乏。据了解，目前农民的财产无法在相关机构取得登记，因而也就很难获得适量的贷款。同时，目前尚无专业土地经营权价值评估机构和评估人员，没有相对独立的评估价值作参照，土地经营权价值评估主观判断成份较大，实际价值难以合理确定，评估价值往往低于土地经营权实际价值。银行业机构难以准确认定土地承包经营权的实际价值，发放贷款的额度较低。
3、 抵押登记成本较高，降低了农户申请此项贷款的积极性。由于此类贷款业务刚刚起步，没有较成熟的模式可以借鉴，此类贷款的操作模式就兼备了农户小额信用贷款、土地抵押贷款、财产抵押贷款三种贷款业务的特点。因而涉及环节较多，收费增多，手续也比较繁琐。银行、农户普遍反映远不及农户信用联保贷款低廉便捷。同时，风险保障机制缺失，银行业机构避险心态较重，开展积极性不高。
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