1、建设工程设计合同纠纷是专属管辖。因为根据司法解释的规定,由不动产纠纷中专属管辖的情形有建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷,土地承包经营权纠纷等。其中建设工程设计合同的纠纷属于建筑工程施工合同纠纷的一种。
2、法律依据:《民事诉讼法》第三十三条 下列案件,由本条规定的人民法院专属管辖:
(一)因不动产纠纷提起的诉讼,由不动产所在地人民法院管辖;
(二)因港口作业中发生纠纷提起的诉讼,由港口所在地人民法院管辖;
(三)因继承遗产纠纷提起的诉讼,由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。