投案自首是否会留有案底,主要是根据自首交代后的事实是否经过法院依法判决后构成犯罪。若投案人认为自己的行为已经构成犯罪,主动来自首,并经侦查机关侦查后发现其行为不构成犯罪,不予立案,并且经审判机关审理后认为投案人无罪,不构成犯罪,就不会留案底。
【法律依据】
《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百八十六条,犯罪的时候不满十八周岁,被判处五年有期徒刑以下刑罚的,应当对相关犯罪记录予以封存。
犯罪记录被封存的,不得向任何单位和个人提供,但司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询的除外。依法进行查询的单位,应当对被封存的犯罪记录的情况予以保密。