工程合同只签补充协议是无效的。工程建设是需要签订书面合同的,而补充协议只是主合同的补充约定,不能代替主合同,所以只签订补充协议是无效的。一般情况下,补充协议不能涉及主合同约定的主要标的物,不能对主合同进行实质性修改。如果要对主合同进行实质性的修改,其前提是必须符合法律规定事由,例如在合同履行过程中正常的变更或建筑面积等的变化,就可以通过签订补充协议或签证来进行。
【法律依据】
《民法典》第五百一十条,合同生效后,当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的,可以协议补充;不能达成补充协议的,按照合同相关条款或者交易习惯确定。