不是南京户籍不能在南京以个人自由职业名义参保。一定要通过公司(挂靠等)形式。若通过挂靠在南京缴费,只要不要中断,目前应该联网了(浙江已经联网,江苏应该差不多吧)。门诊回连云港医院也可以用。若南京中断社保,那南京、连云港都用不了医保。北京的社保南京用不来(急诊除外,全额付费回北京报销)。不管北京还是南京缴费。在连云港参保后都可以将北京或南京参保的个人账户转到连云港。医保省内是联网的。北京公司肯支付社保及公积金费用给你的。那你就在连云港户籍地以个人名义参保好了。最多保养老和医疗2种。拿着连云港的医保卡及医保本子在南京用(大医院)也可以用,也有报销待遇享受(超额部分),以后也不牵涉到转移。