购买共同出资合作建设房，协议上写着房屋的政府赔偿金归乙方所有，土地补偿款归甲方所有是什么意思？

您好，政府的拆迁赔偿区分地上建筑物和土地的价值赔偿，建议修改为对自己有利的条款。

涉及的农村土地承包合同，如果是在农户承包合同书内的土地，土地补偿的地上种物、建筑物、青苗等归承包经营户。对属于集体土地但是没有划入农户的土地，属于集体所有，集体社员都有权按人数领取，谁开荒则会适当多照顾开荒者的利益。
对土地权属争议的，先由土地部门处理，对处理决定不服的可以提起行政诉讼。对补偿款分配问题有争议的，则属于民事纠纷，可以直接提起民事诉讼。
案情比较复杂，程序烦索，建议请律师代理。如需要可以和我联系。