公司把员工工资全部扣完肯定是不合法的。单位在员工出现违纪的情况下,可扣除部分奖励性待遇作为处罚,不能克扣员工的工资。在员工给单位造成直接经济损失的情况下,员工需要赔偿,那么单位可每月扣除员工工资超过20%的金额作为赔偿,同时发放工资不得低于当地最低工资标准。依据《劳动法》第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。《工资支付暂行条例》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的,用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿,可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准,则按最低工资标准支付。