向教育机构支付保证金五千元，而剩余款未付，是否可以退回保证金

有合同吗

《劳动合同法》第九条之规定，用人单位不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物，用人单位本法规定，由劳动行政部分责令限期退还劳动者本人，并以每人五百元以上二千元一下的标准处以罚款，给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
收据确实是公司的会计出具的话，虽然没有公司公章，但从民事法律关系上来说，会计履行公司职务行为，应当由公司承担相应的民事法律责任。为此你可以申请劳动仲裁。
《劳动合同法》第84条之规定，劳动者依法解除或者终止劳动合同，用人单位不得扣押劳动者档案或者其他物品，否则由劳动行政部分依照有关法律给与处罚，给劳动者造成损失的，应当承担赔偿责任。