结论：会的，在宅基地上建厂房是违建，有关部门可依法拆除。
解析：
会的，在宅基地上建厂房是违建，有关部门可依法拆除。在宅基地上，只能建造住房，仅可用于村民居住；
不可用来建厂房用来生产，并且宅基地也是不能出售、出租的，若是村民在使用宅基地过程中，有出售、出租宅地基行为，再次申请时则不予审批。
法律依据：
《土地管理法》第六十二条
农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。
人均土地少、不能保障一户拥有一处宅基地的地区，县级人民政府在充分尊重农村村民意愿的基础上；
可以采取措施，按照省、自治区、直辖市规定的标准保障农村村民实现户有所居。
农村村民建住宅，应当符合乡(镇)土地利用总体规划、村庄规划，不得占用永久基本农田，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。
编制乡(镇)土地利用总体规划、村庄规划应当统筹并合理安排宅基地用地，改善农村村民居住环境和条件。
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