结论：先协商，不成再诉讼。
解析：
先协商，不成再诉讼。1、与该机构协商退款，双方做出各自的让步减少诉讼带来的时间还金钱成本上的消耗；
2、达不成协议的，可以向法院提起诉讼，表明该机构违约给你带了的损失，请求法院判决该机构退还定金或者学费，并且可以要求其赔偿一些违约金；
3、没有了单据，机构退款但是扣钱的行为并不合理，即便是没有了单据，但是该机构肯定也有交款的证明，并不能因为丢失单据而扣钱。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》第五百八十五条
当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
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