交通肇事罪三种不起诉由谁决定

解析：
在处理交通肇事罪案件时，相关部门做出不起诉三种决定的行动主体主要为检察机关。我院所涉三类不起诉情况包括法定不起诉、酌定不起诉以及证据不足不起诉。其中，法定不起诉即是指在案件审理过程中发现犯罪嫌疑人并无真实的犯罪行为，或其行为符合我国《刑事诉讼法》第十六条明文规定的任一情节；酌定不起诉则主要考虑到犯罪情节较轻，进而依据我国刑法规定无需对其进行刑事惩罚或可免于刑事处罚；至于证据不足不起诉，是指经两次补充侦查后，仍旧发现证据存有明显短缺且无法满足起诉所需的充足要求。基于案件的具体状况及相关法律规定，我院会进行深入分析评估后，再作出最终的不起诉决定。
法律依据：
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条
【法定不起诉的条件】犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。
【酌定不起诉的条件】对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。
【不起诉案件的处理】人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。