我们和另一家公司签订了施工合同，但是现在却因为一些原因产生了分歧，想了解一下施工合同主体纠纷的原因有哪些？

施工合同主体纠纷的原因主要有以下几点:
第一种是因建设工程质量所产生的纠纷;
第二种是因发包人拖欠工程款产生的纠纷;
第三种是被挂靠人与挂靠人之间存在工程欠款或管理费产生的纠纷;
第四种是拖欠供应商、雇用人员工资产生的纠纷。下面对各类型纠纷进行分析：
1、关于第一种纠纷，根据《解释》第二十五条规定因建设工程质量发生争议的，发包人可双总承包人、分包人和实际施工人为共同被告提起诉讼，该条规定与《意见》第43条规定内容是相一致的。因此，因建设工程质量问题产生的纠纷，应以发包人为原告，总承包人、分包人和实际施工人为共同被告，在挂靠中就是挂靠人和被挂靠人都做为共同被告。
2、关于第二种纠纷，发包人是债务人，被挂靠人是名义上的债权人，挂靠人是实际上的债权人。根据合同相对性原理，挂靠人不能向发包人主张权利，只能由被挂靠人向发包人主张权利。但《解释》第二十六条的规定，突破了合同相对性原理，赋予挂靠人为原告，可以以发包人为被告提起诉讼。
3、关于第三种纠纷，在排除发包人欠付工程款以外，应根据合同相对性来处理，即诉讼主体是挂靠双方。如果发包人欠付工程款的，导致被挂靠人拖欠挂靠人工程款的，按《解释》第二十六条规定，挂靠人为原告，发包人、被挂靠人为被告。但后两者并不是共同被告，挂靠人可以选择其中一个起诉，也可以选择两者都为被告。