公司股东不配合变更法定代表人怎么办

法律分析：
（1）公司变更法定代表人，第一步应查阅公司章程。章程作为公司的“内部宪法”，详细规定诸多公司运营规则，包括法定代表人变更的具体要求与流程，依章程行事能确保变更程序合法合规。

（2）若章程未作特殊规定，从法律层面看，法定代表人变更属于公司内部治理范畴。一般而言，需召开股东会并形成决议，且需代表三分之二以上表决权的股东通过该决议，决议方才有效。

（3）当股东会依法作出变更决议后，部分股东却不配合，此时公司有权依据法律规定，携带相关决议、申请书等必要材料，前往市场监督管理部门申请变更登记，以完成法定代表人的正式变更。

（4）若存在股东故意设置障碍，致使无法形成有效的股东会决议，公司可运用法律赋予的诉讼权利，向法院提起诉讼，要求法院判令股东配合完成法定代表人变更手续，之后凭借生效的裁判文书办理变更登记。

提醒：
变更法定代表人过程中，注意保留相关文件材料。遇到复杂情况，建议咨询专业律师分析。