招标代理公司要是有违法行为,处罚办法有好几种。要是违反了招标程序规定,会被要求改正,还会被警告。对于单位里直接负责的主管人员和其他直接责任人员,要按单位罚款数额的百分之五以上百分之十以下罚款。要是有违法所得,会一并没收。情节严重的,在一年到两年内禁止代理依法必须进行招标的项目,还要公告,甚至会被工商行政管理机关吊销营业执照。要是和招标人、投标人串通起来损害国家利益、社会公共利益或者他人合法权益,并且影响了中标结果,那中标就是无效的,要处中标项目金额千分之五以上千分之十以下的罚款,对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员按单位罚款数额百分之五以上百分之十以下罚款。有违法所得同样没收。情节严重的,会暂停甚至取消招标代理资格。所以招标代理公司在进行业务时必须严格遵守法律法规,不然会面临严重的处罚后果。