(一)对于农村土地承包经营纠纷,申请仲裁后又起诉,仲裁委员会受理的,法院会裁定不予受理已起诉案件,已受理的裁定驳回起诉,仲裁程序继续,仲裁不会失效。遇到这种情况,当事人应遵循仲裁程序进行处理。
(二)对于其他土地纠纷,若达成仲裁协议,一方起诉未声明,另一方在首次开庭前提交仲裁协议,法院驳回起诉,仲裁协议有效;若另一方在首次开庭前未提异议,视为放弃仲裁协议,仲裁失效。此时双方需按照法院诉讼程序处理纠纷。
法律依据:
《中华人民共和国仲裁法》第二十六条规定,当事人达成仲裁协议,一方向人民法院起诉未声明有仲裁协议,人民法院受理后,另一方在首次开庭前提交仲裁协议的,人民法院应当驳回起诉,但仲裁协议无效的除外;另一方在首次开庭前未对人民法院受理该案提出异议的,视为放弃仲裁协议,人民法院应当继续审理。