员工挪用公款50万怎么处理

（一）确认员工身份。先明确该员工是否为国家工作人员，这关系到具体涉嫌的罪名。
（二）及时报警。无论员工是否为国家工作人员，挪用公款或资金的行为都已涉嫌犯罪，应尽快向公安机关报案，让司法机关介入调查。
（三）提起附带民事诉讼。单位可在司法机关处理案件过程中，提起附带民事诉讼，以此挽回因员工挪用行为造成的损失。

法律依据：
《中华人民共和国刑法》第二百七十二条规定，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的，处三年以下有期徒刑或者拘役；挪用本单位资金数额巨大的，处三年以上七年以下有期徒刑；数额特别巨大的，处七年以上有期徒刑。国有公司、企业或者其他国有单位中从事公务的人员和国有公司、企业或者其他国有单位委派到非国有公司、企业以及其他单位从事公务的人员有前款行为的，依照本法第三百八十四条的规定定罪处罚。