首先,关于宅基地确权的问题,根据现行的法律法规,宅基地使用权是与户主身份紧密相关的。在你丈夫去世后,宅基地的户主变更应当按照法定程序进行。由于儿子当时不在家,无法及时办理户主变更,这确实给确权工作带来了一定的困难。不过,现在上级要求申报存疑问题,这是一个解决问题的好机会。你可以向相关部门说明情况,提供必要的证明材料,如丈夫的死亡证明、家庭关系证明等,申请将宅基地的户主变更为儿子。同时,对于旧宅(土窑洞)的处理,如果当时已经申请确权在你名下,那么这部分宅基地的权益应当是明确的。在申报存疑问题时,可以一并说明旧宅的情况,确保权益不受影响。其他方面,建议你保持与相关部门的沟通,及时了解政策动态和办理进度,以便顺利完成宅基地的确权工作。我是杭州的吴亮律师,如果仍有疑问,欢迎追问或一对一咨询。