单位要是虚开了5万元普通发票,税务机关是会进行行政处罚的。按照《中华人民共和国发票管理办法》,要是有虚开发票的情况,税务机关会没收违法所得。要是虚开金额在1万元以下,还能并处5万元以下罚款;要是虚开金额超过1万元,那就会并处5万元以上50万元以下的罚款。所以说,单位虚开5万元普通发票,会被税务机关没收违法所得,然后还要面临5万元以上50万元以下的罚款。
不过虚开发票这事要是严重了,还可能触犯刑法。根据相关司法解释,虚开发票一百份以上,或者虚开金额累计达到四十万元以上;又或者虽然没到这个数额标准,但在五年内因虚开发票被行政处罚过两次以上,然后又虚开发票的,就构成虚开发票罪。单位虚开5万元普通发票,一般是没达到这个标准,不构成虚开发票罪。但要是存在多次虚开等严重情况,司法机关会综合起来判断。
另外,如果单位虚开普通发票是为了骗取出口退税、抵扣税款,那就可能构成更严重的犯罪。具体会承担什么样的法律责任,要结合实际情况才能确定。所以啊,建议单位发现问题后,赶紧纠正错误,好好配合税务机关调查处理。