结论:占用耕地特别是基本农田盖厂房,属于违法行为,轻则被责令拆除、恢复种植条件并罚款,重则可能构成非法占用农用地罪。处罚分两个层面。行政层面:自然资源部门会下发责令停止违法行为通知书,限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施、恢复土地原状,并处耕地开垦费倍数不等的罚款。如果占的是基本农田,标准更严。刑事层面:非法占用基本农田五亩以上或者基本农田以外的耕地十亩以上,就可能触犯刑法第三百四十二条,面临有期徒刑或拘役并处罚金。建议你立即停止施工,主动和乡镇政府、自然资源所沟通,看能否补办设施农用地手续或调整选址,越早主动处理,罚款和强拆风险越低。同时,若已投入资金,尽快核算已花成本,看能否通过补办手续转为合法,降低损失,不要继续大规模建设以免损失扩大。