运输途中货物的损失应该由商业公司承担。我国《合同法》第一百四十五条条规定:“当事人没有约定交付地点,或者约定不明确,依照本法第一百四十一条第二款第一项的规定,标的物需要运输的,出卖人将标的物交付给第一承运人后,标的物毁损、灭失的风险由买受人承担。”该法第一百四十一条第二款第一项规定:“当事人没有约定交付地点或约定不明确,依照本法第六十一条的规定仍不能确定的,适用下列规定:(一)标的物需要运输的,出卖人应当将标的物交付给第一承运人以运交给买受人。”
所以,你公司已把货物交付给运输公司承运,就算物流运输没签合同运,在输途中的货物损失由商业公司承担。另外,《合同法》第三百一十一条规定:“承运人对运输过程中货物的毁损、灭失承担损害赔偿责任,但承运人证明货物的毁损、灭失是因不可抗力、货物本身的自然性质或者合理损耗以及托运人、收货人的过错造成的,不承担损害赔偿责任。”因此,运输公司对暴雨这种不可抗力不应承担责任。