最高院通过的《最高人民法院关于审理与企业改制相关民事纠纷案件若干问题的规定》在解决了企业改制诉讼中的重要实体问题的同时，也就改制诉讼中的程序问题作了规定与明确。
1、在受案范围上，该规定明确人民法院受理平等民事主体间在企业产权制度改造中发生的民事纠纷案件，包括：企业公司制改造中发生的民事纠纷、企业股份合作制改造中发生的民事纠纷、企业分立中发生的民事纠纷、企业债权转股权纠纷、企业出售合同纠纷、企业兼并合同纠纷等。这些纠纷具有主体平等性、自愿性、等价有偿性等民事法律特性，因而具备可诉性。
但对于政府主管部门在对企业国有资产进行行政性调整、划转过程中发生的的纠纷，当事人(指政府行政行为指向的直接相对人)向人民法院提起民事诉讼的，人民法院不予受理。这类纠纷源于政府机关(行政主体)与其下属的企业(相对人)之间就国有资产在国有资产运营体系内的重新分配、调整行为的效力问题产生争议，由于争议双方的身份不平等，且争议属行政争议，因此应按行政程序加以解决。《最高人民法院关于因政府调整划转企业国有资产引起的纠纷是否受理问题的批复》中也明确人民法院对此类案件不予受理。国有资产管理局在1998年发布了《关于国有资产产权纠纷调处工作有关政策问题的通知》为国有资产产权纠纷的调处工作提供了依据。所以，解决企业改制纠纷应该首先明确争议各方的主体身份和争议性质，然后视情况进入行政程序或民事诉讼程序。
2、企业改制诉讼中诉讼主体的确定，主要是指对被告或责任承担者的确定，这要依诉讼的争议内容来明确。对于债务纠纷，若当事人有合法有效约定，依约定的内容确定;若被改制企业仍以企业法人资格存续的，则一般由改制后的企业承担改制前的债务;若被改制企业丧失企业法人资格或注销的，一般由改制后的企业的资产所有人承担民事责任;若是遗漏或隐瞒债务，则根据有关除权期的规定确定责任的承担主体;若是留下空壳企业以逃废债务的，要追加真正的责任主体。对于其他纠纷，如企业出售合同效力纠纷、企业兼并协议的效力纠纷，则直接以争议双方中的对方当事人为被告。
但也有一些地方在改制的过程中利用国家法律、法规的漏洞，使责任主体不易确定。这时，就应结合《民事诉讼法》、《最高人民法院关于审理与企业改制相关民事纠纷案件若干问题的规定》、《最高人民法院关于人民法院在审理企业破产和改制案件中切实防止债务人逃废债务的紧急通知》等法律、司法解释的内容综合加以判断。
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