首先,挂靠公司于发包公司签订的工程施工合同是无效的,因为你们是挂靠在有资质的公司名下的。当然要是作为实际施工人的你们要是有资格,可以做为挂靠公司的内部承包协议,这样挂靠公司于发包公司签订的合同就有效。
其次,你们想继续做工程,你就要说服挂靠公司,让其给发包公司去函:表明你们是他们的内部分包,愿意交纳保证金,发包公司按照合同约定无权利单方面解除合同。此时,为保障你们的利益,你们也要与挂靠公司形成一个内部协议,表明事情的来龙去脉,并说明工程是你们挂靠在他们公司名下的,你们是工程的实际施工人,这样可以避免以后和挂靠公司有纠纷。
最后,挂靠公司交纳保证金的理由你们可以找你们与挂靠公司的合同约定来说事,另外就是用给其管理费的压力给挂靠公司施压。鉴于工程方面的相关合同文书相对复杂,尤其是合同中的表述,为保障以后更大的利益冲突,建议你提前请律师介入,请律师起草相关合同文书,以避免以后产生大的争议。