《民法通则》第一百三十五条 向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年，法律另有规定的除外。
第一百三十八条 超过诉讼时效期间，当事人自愿履行的，不受诉讼时效限制。
第一百四十条 诉讼时效因提起诉讼、当事人一方提出要求或者同意履行义务而中断。从中断时起，诉讼时效期间重新计算。
《民事诉讼时效的司法解释》第五条 当事人约定同一债务分期履行的，诉讼时效期间从最后一期履行期限届满之日起计算。
根据法律规定，买卖合同的诉讼时效从债务人履行期限届满开始计算，一般为两年。因为你们的货款是分期支付的，所以应当按照09年6月的履行期限届满之日起计算两年，也就是11年6月。
如果你们公司在这期间一直没有向对方公司催收过质保金，除非对方自愿履行，否则这部分债权已经过了2年的诉讼时效，即使诉讼，也不能得到法律的保护。
如果这两件期间你们曾有过催收的事实出现（比如催款单、电话催收记录），诉讼时效可以从这个时间开始重新计算2年。
开发票只能证明你们之间有债权债务关系，证明买卖事实的存在，对主张债权没有影响。
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