合同部分无效诉讼时效是民事权利受到侵害的权利人,在法定的时效期间内不行使权力,当时效届满时,人民法院对权利人的权利不在进行保护的制度。从其性质上讲是以一定的事实状态存在为前提,旨在维护既有事实状态,稳定现有即成法律关系及法律后果的制度。《1999年司法解释》第二十五条第二款中关于“一年”的相关规定,从表面上看与诉讼时效的立法导向和性质类似,但是不等于说就是诉讼时效的规定,因为旨在保护既有事实状态的规定在民法中还是较为常见的,例如善意取得制度、效力待定合同中的追认权制度等等,不能因为立法导向类似就将两种制度混为一谈。分析诉讼时效的含义我们可以看出,诉讼时效期间届满后,权利人丧失胜诉权,保留起诉权,在对方当事人提出诉讼时效抗辩后,人民法院核实后将驳回原告诉讼请求,即对权利人的权利不再进行保护,公力救济止步于此。但是从《1999年司法解释》第二十五条第二款的但书中,即“但可根据实际情况,依照公平原则,对该承包合同的有关内容进行适当调整”,我们可以看出人民法院在对原告诉讼请求不予支持的同时,该条规定还赋予了人民法院对无效合同“调整”的权利,即仍保留公力救济途径。纵观《民法通则》中诉讼时效的相关条文,都没有出现如此的但书,这也与诉讼时效的含义,即“当时效届满时,人民法院对权利人的权利不在进行保护”的规定相悖,由此可见,《1999年司法解释》第二十五条第二款的相关规定并非关于无效农村土地承包合同诉讼时效的规定。