我伯伯的饭店生意一直很是差劲，根本就经营不下去了，无奈下就只好把房屋给做抵押了，之前已经被征收出去了，想问下征收设有抵押权的房屋应如何处理呢？

《城市房屋拆迁管理条例》第30条规定：“拆迁设有抵押的房屋，依照有关担保的法律执行。”因拆迁补偿的方法有货币补偿和产权调换两种，故对拆迁设有抵押的房屋的补偿方法也有区别。
首先应明确，被拆迁的房屋虽设定了抵押权，但作为被拆迁人的抵押人仍有权选择是货币补偿，还是产权调换，但抵押人与抵押权人另有约定的除外。
被拆迁人选择货币补偿的，根据《担保法》第58条规定：“抵押权因抵押物灭失而消灭。因灭失所得的赔偿金，应当作为抵押财产。”同时最高人民法院《关于适用担保法若干问题的解释》第80条第1款规定：“在抵押物灭失、毁损或者被征用的情况下，抵押权人可以就该抵押物的保险金、赔偿金或者补偿金优先受偿。”因此，被拆迁人所取得的补偿金是已设定抵押的被拆迁房屋的替代物，为抵押权人的抵押权所及。抵押权人可与抵押人协商，以拆迁补偿金受偿。若协商不成或抵押期限尚未到期，抵押权人应采取诉前保全措施或向法院起诉或提存，以求得最终解决，否则，其抵押权不得对抗拆迁人，拆迁人有义务向被拆迁人发放补偿款，且拆迁人对补偿金并无留置权　　。
被拆迁人选择产权调换的，被拆迁人可与抵押权人协商，以安置的房屋作为抵押物，另行订立抵押担保合同。根据《担保法》第41条规定，抵押合同自安置房办理抵押物登记时生效，其规定有其不合理之处，但办理安置房的抵押登记则是必须的，因此，如属于现房的则在办理安置房权属登记之后即办理抵押登记；若属期房的，则应按照预购商品房抵押贷款方式，由登记机关在抵押合同上作记载。在抵押期间竣工并完成初始登记的，当事人应在被拆迁人领取房地产权属证书后，重新办理房地产抵押登记。
如果被拆迁人与拆迁人达不成拆迁安置协议，当事人可申请拆迁管理部门裁决。