哥哥在外面合伙开了股份公司，现在股东中途想撤出，赶上公司需要上新的项目，准备开股东大会来决定如何处理，说到这里我想知道的是两家公司互换股东财务怎么处理

既然你有此顾虑，就不应该同意将公司收入存入对方私人账户（这违反相关法律法规）。其次，应该认真看看公司成立时制定的相关章程及约定为自己的公司行为找个法律依据。
前期合作事项，双方协商处理。
继续合作如对双方均有利，并能达成共同掌管公司财务管理权限的共识。则一定要将公司财产与个人财分开，不要将公司财产存于个人名下，只要是公司名下在法律上股东利益都是有保障的。
具体到公司财务管理事务，就是将财务章、法人章等公司账户预留印鉴分开保管（一人一枚印章，两人各自盖章才能办理取现转账等账户事项）。就能避免你先前的忧虑。