《招标投标法》规定,中标合同备案后,当事人不得就合同中实质性内容另行约定,应以中标合同为准,当然,这并不是说合同签订后就不能变更了,按《合同法》的规定,合同签订后当然可以变更,只是补充协议对实质性内容进行变更后也需要再次备案,只有进行了重新备案后才能作为依据。《司法解释》第21条规定的本意是限制当事人以真实意思为由规避法律和政府的相关规定,这是法律对当事人的不正确的真实意思的干预。因此,履约过程中如要签订与中标合同实质性内容发生变更的补充协议的关键是要有法定的变更事由并同样办理备案手续。否则,工程结算价款只能依据经备案的合同的约定。承包人可直接依据《司法解释》第21条的规定结算工程价款。