请问怎样才能合法改装摩托车排气管呢？

准确的说，机动车上户以后，不管你怎么改装都是违法的，比如一些货车在车厢上张贴一些广告都是违法的，要严格处理的话，也是可以被处以罚款的。
摩托车改排气管肯定是违法的，交警部门可以拆除你的非法装置，并处以一定金额的罚款。把后轮的挡泥板割掉一半这个说得过去，大不了你就说是挡泥板坏了。
如果你真的需要对你的车辆进行改装，在不影响整体结构的情况下，可以去你办理上户手续的车管所办理申请变更手续，这个不太好办，但不是绝对不能办，就看你的能力了。