公司员工拿回扣受贿5000元怎么处理

1、国家工作人员拿回扣的，属于受贿行为，可构成受贿罪。不满5000元，情节较轻的，不构成犯罪，可给予治安管理处罚。
2、非国家工作人员拿回扣的，也属于受贿行为，数额较大的（5000元以上），可构成非国家工作人员受贿罪。不满5000元的，不以犯罪论处。
3、根据《刑法》第三百八十五条：国家工作人员利用职务上的便利，索取他人财物的，或者非法收受他人财物，为他人谋取利益的，是受贿罪。国家工作人员在经济往来中，违反国家规定，收受各种名义的回扣、手续费，归个人所有的，以受贿论处。
《刑法》第三百八十六条：对犯受贿罪的，根据受贿所得数额及情节，依照本法第三百八十三条的规定处罚。索贿的从重处罚。
《刑法》第一百六十三条：公司、企业或者其他单位的工作人员利用职务上的便利，索取他人财物或者非法收受他人财物，为他人谋取利益，数额较大的，处五年以下有期徒刑或者拘役数额巨大的，处五年以上有期徒刑，可以并处没收财产。公司、企业或者其他单位的工作人员在经济往来中，利用职务上的便利，违反国家规定，收受各种名义的回扣、手续费，归个人所有的，依照前款的规定处罚。国有公司、企业或者其他国有单位中从事公务的人员和国有公司、企业或者其他国有单位委派到非国有公司、企业以及其他单位从事公务的人员有前两款行为的，依照本法第三百八十五条、第三百八十六条的规定定罪处罚。
4、根据《公安机关立案追诉标准》第十条：公司、企业或者其他单位的工作人员利用职务上的便利，索取他人财物或者非法收受他人财物，为他人谋取利益，或者在经济往来中，利用职务上的便利，违反国家规定，收受各种名义的回扣、手续费，归个人所有，数额在五千元以上的，应予立案追诉。

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有没有直接的证据呢

可能涉嫌职务侵占，可要求该员工交还。