请问企业所得税应补所得税额为负数怎么办

一般来说，所得税年报中本年应补(退)所得税额为负数时，说明纳税人预缴税款时交多了，汇算清缴要退税，或者留待以后年度抵减。因此，你可以申请退税也可不申请退税，下一年度缴税时填写《多缴税款抵交应纳税款表》，申请抵减。另外，以后预缴税款时要注意，年初就应计划好，尽量不要多交。
所得税是企业有利润时才缴纳的税种。
如果是季度所得税申报，据实填列负数即可。如果您说的利润总额是年度总利润，季度所得税预交时若有预交税款的话，还涉及税款退库问题·。若纳税人同意，也可以用来抵顶以后年度应纳税额。
企业所得税以企业在一定时期内获得的所得为征税对象，所谓所得，是指纳税人从事生产经营活动所获得的收入扣除为取得收入而付出的成本费用后的余额。《企业所得税法》第五条规定，企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额《企业所得税法实施条例》第十条规定，亏损是指企业依照企业所得税法和本条例的规定将每一纳税年度的收入总额减除不征税收入、免税收入和各项扣除后小于零的数额。
国家税务总局《关于印发〈中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表〉的通知》(国税发〔〕101号)中，年度纳税申报表主表及其填报说明也对负数的填报方法作了明确：“第25行应纳税所得额”，金额等于本表第23行-24行，本行不得为负数，本表第23行或者依上述顺序计算结果为负数，本行金额填零。