检察机关明知证据不足怎么处理

如若在侦缉调查环节中，警方发现证据尚未充足完善，便会直接停止该案件的进一步调查。反之，若在检察审查诉讼阶段，侦查机构提交的证据仍显欠缺，检察院有权依据实际情况，建议侦查机关将相关案卷退回，或者选择由自身作出不起诉决定。而当案件送至司法判决院审理时，法院通常会作出判被告人无罪的结论。
《刑事诉讼法》第一百七十五条
人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；
认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。
人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。
对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。