公司股东变更了但是不是最终受益人怎么处理

首先，我们需要深入了解并熟知股东变更的详细流程以及相关合约条款的定制。
在发生股东变更之后，新加入的股东未必能成为该公司的真正受益者，可能会涉及到代理权代持等方面的问题。
在法律层面上进行分析时，需对股东变更过程中所签订的各类合同及相关决意性文件进行严谨细致的审查，严格核实各方当事人应享有的权利与承担的责任。
倘若涉及到代理权代持的情况，则必须具备具有合法效力的代持协议书，以此保证实际受益方的应有权益得到切实保护。
同时，还须高度重视并准确把握公司运营规章制度中的相关规定，查看是否专门针对股东与其实际受益人之间的联系施加了特殊约束。
在因股东变更而引发争议的情况下，可尝试通过友善沟通协商寻求妥善解决方案；若协商无果，您也可以向当地司法机构提起诉讼请求，要求依法确认相关权益或者履行先前约定好的事项。
然而务必注意做好充分的证据收集及留存工作，例如书面协议、资金往来痕迹等等，以便提供有力支持证明自身利益诉求。