职务侵占金额认定有争议怎么办理

当职务侵占金额的认定存在争议时，可按以下方式处理。
其一，可申请专业的司法会计鉴定，让有相关资质的机构和人员对涉案金额重新进行核算和鉴定，其鉴定结论在司法程序中是重要的证据。
其二，双方能就争议金额提供如财务凭证、交易记录等相关证据，以此来支撑各自的主张。
法院会把各方证据、鉴定结论以及案件的具体情况综合起来，以此认定职务侵占的金额。
要是依然无法确定，或许会依据已查明的事实和证据进行合理推断，但务必保证推断过程符合法律规定和证据规则。
总之，需通过合法的途径和证据来解决金额认定的争议，以维护当事人的合法权益。