(一)罪与非罪
虽然非法制造、买卖、运输、储存危险物质没有情节严重才构成犯罪的规定,但是,并非一经实施了非法买卖、运输、储存危险物质的行为,就无例外地构成犯罪,对于情节显著轻微的非法买卖、运输、储存危险物质的行为,不宜按犯罪论处。应当指出的是,《刑法》第一百二十五条规定的“非法制造、买卖、运输、储存毒害性、放射性、传染病病原体等物质”的主体是依照国家规定不具备制造、买卖、运输、储存上述物质资格的自然人或者单位。区分罪与非罪的界限是看其行为是否危害公共安全。这是考虑到有的毒害性物质涉及范围很广,如日常生活中民间使用相当广泛的灭鼠药等。实践中,未经批准少量制造用以灭鼠虽属非法,但不一定危害公共安全。其中,情节显著轻微危害不大的,可适用《刑法》第十三条的规定,不以犯罪处理。考虑到有的毒害性物质范围很广,如日常生活中民间使用相当广泛的老鼠药等。不具备制造资格的自然人或者单位少量制造用以灭鼠虽属非法,但也不一定危害公共安全。因此,不一定要定罪处罚。可适用《刑法》第十三条的规定,以情节显著轻微危害不大,不认为是犯罪处理。
(二)非法制造、买卖、运输、储存危险物质罪与危险物品肇事罪、传染病菌种、毒种扩散罪的区分
非法制造、买卖、运输、储存毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪与危险物品肇事罪、传染病菌种、毒种扩散罪等的主要区别在于犯罪主观方面不同。非法制造、买卖、运输、储存毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪的主体是依照国家规定不具备制造、买卖、运输、储存上述物质资格的自然人或者单位,主观上表现为故意犯罪。危险物品肇事罪、传染病菌种、毒种扩散罪的主体是依照国家规定取得制造、买卖、运输、储存毒害性、放射性、传染病病原体等物质资格的人或单位,主观上表现为过失犯罪。如医疗、科研教学和生产厂家,如果在生产、储存、运输、使用中违反管理规定,发生重大事故造成严重后果,不构成非法制造、买卖、运输、储存毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪,而应依照《刑法》第一百三十六条危险物品肇事罪、第三百三十一条传染病菌种、毒种扩散罪追究刑事责任。
(三)非法制造、买卖、运输、储存危险物质罪与走私毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪的界限
走私毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪是指违反海关法规,逃避海关监管、非法运输、携带、邮寄毒害性、放射性、传染病病原体等物质进出国(边)境的行为。两者在客观行为方式及行为对象上有相似之处,但也有明显区别:
(1)侵犯的客体不同。本罪侵犯的客体是公共安全和国家对毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪的管理制度;走私毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪侵犯的客体是国家对毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪的对外贸易管制。
(2)客观方面不同。本罪表现为非法制造、买卖、运输、邮寄、储存毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪的行为,其中的买卖、运输、邮寄必须是在境内非法买卖、运输、邮寄上述物品;走私毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪在客观方面表现为违反海关法规,逃避海关监管,运输、携带毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪出国(边)境的行为。为走私而违反我国的对外贸易管制,逃避海关监管或边防检查,非法运输毒害性、放射性、传染病病原体等物质进出国(边)境的,则构成走私毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪。
(3)主观故意不同。如果明知是走私进口的毒害性、放射性、传染病病原体等物质而直接向走私人购买,或者明知是走私人购买毒害性、放射性、传染病病原体等物质进行走私出口而卖给走私人毒害性、放射性、传染病病原体等物质,或者在内海、领海收购、贩卖毒害性、放射性、传染病病原体等物质,没有合法证明的,则不构成本罪,应以走私毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪论处。