店面的房屋租赁税应该由谁来承担

原则上房屋的营业税应由卖方来缴纳，但不排除买卖双方可以通过合同另行约定的效力。你们的合同里将营业税的缴纳主体变更为买方，是有法律效力的，也就是该税对外是由卖方向税务机关缴纳，但实际上仍是有买方支付的。
对于新增部分的营业税，按照你们合同对该项的约定，新增部分的营业税应由买卖双方承担，只是没有约定各自承担的比例，对于买卖双方各自承担多少新增部分金额先由双方协商，一般是各自承担50，如果协商不成，恐怕只能通过法院来确定了。但对外缴纳税金的主体仍应是卖方，如果卖方不缴纳，买方的房子也不能过户，合同实际上也无法继续履行。卖方不按合同约定履行属于违约。