(1)适用对象不同。“附条件不起诉”仅适用于侵犯公民人身权利、民主权利罪、侵犯财产罪、妨害社会管理秩序罪,可能判处一年有期徒刑以下刑罚,符合起诉条件,但有悔罪表现,涉嫌实施犯罪行为时不满18周岁的未成年人;
酌定不起诉适用于情节轻微,依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的情形。
(2)适用主体的权限不同。对于附条件不起诉案件,检察院享有自由裁量权,即可以选择是否适用附条件不起诉;酌定不起诉的案件,检察院享有自由裁量权,即可以选择是否起诉。
(3)法律效力和后续法律效果不同。在法律效力上,对于被附条件不起诉的,被附条件不起诉人有六个月以上一年以下的考验期;酌定不起诉的,如果被不起诉人在押,应当立即释放。在后续法律效果上,对于被附条件不起诉人,在考验期内有法定情形之一的,人民检察院应当撤销附条件不起诉的决定,提起公诉;在考验期内没有法定情形,考验期满的,人民检察院应当作出不起诉的决定。对于酌定不起诉人,人民检察院如果发现不起诉决定确有错误,符合起诉条件的,应当撤销不起诉决定,提起公诉。
(4)被(附条件)不起诉人的救济制度不同。酌定不起诉中,被不起诉人如果不服,可以自收到决定书后七日以内向人民检察院申诉,对申诉的处理,由检察院根据案情决定。在附条件不起诉中,未成年犯罪嫌疑人及其法定代理人对人民检察院决定附条件不起诉有异议的,可以向人民检察员提出,人民检察院应当作出起诉的决定。