表姐夫是985高校博士毕业，因为有科研成果所以很容易就找到了一家实力雄厚的公司。带着自己的科研项目所取得的经费，成为了公司的隐名股东。同时与显名股东签订了协议，我不知道在这样的大公司里，显名股东和隐名股东协议有效么。

你好，有效力。只要隐名股东与名义股东之间的隐名出资协议或代持股协议，不违反法律的强制性规定，那么该协议对隐名股东和名义股东来说就具有法律效力，双方关于投资权益的归属等方面的约定，就应当依照约定来履行。隐名股东与名义股东因投资权益的归属发生争议，隐名股东以其实际履行了出资义务为由向名义股东主张权利的，人民法院也是会支持的。因此，在必须采用代为持股的方式成立公司时，隐名股东一定要与名义股东签订书面的协议，对双方之间的权利义务作出明确的约定，一旦发生纠纷可以以此作为依据。同时，也应保留出资凭证等能证明自己实际出资的证据。
从对外方面来说，公司具有一定的人和性，且对外具有公示性。若隐名股东请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记的，必须经过其他股东过半数的同意，否则，是无法办理公司变更登记的，无法成为对外公示的股东的。所以，隐名股东在选择合作伙伴时一定要慎重，选择比较可靠的人作为股东一起设立公司，这样一旦与名义股东发生纠纷时，可以在其他股东同意下，直接变更为显名股东，并进而直接主张股东权利。
且公司法解释三也明确规定　有限责任公司的实际出资人与名义出资人订立合同，约定由实际出资人出资并享有投资权益，以名义出资人为名义股东，实际出资人与名义股东对该合同效力发生争议的，如无合同法第五十二条规定的情形，人民法院应当认定该合同有效。
　　前款规定的实际出资人与名义股东因投资权益的归属发生争议，实际出资人以其实际履行了出资义务为由向名义股东主张权利的，人民法院应予支持。名义股东以公司股东名册记载、公司登记机关登记为由否认实际出资人权利的，人民法院不予支持。
　　实际出资人未经公司其他股东半数以上同意，请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记的，人民法院不予支持。
　　第二十六条　名义股东将登记于其名下的股权转让、质押或者以其他方式处分，实际出资人以其对于股权享有实际权利为由，请求认定处分股权行为无效的，人民法院可以参照物权法第一百零六条的规定处理。
　　名义股东处分股权造成实际出资人损失，实际出资人请求名义股东承担赔偿责任的，人民法院应予支持。