叔叔是通过中介进入公司里面当员工，后来他因为得罪了老板因此被公司开除了，如今他发现中介非法的扣除了他的违约金，所以请问一下员工被辞退在中介扣违约金怎么办

如果被辞退，可以申请劳动仲裁，要求赔偿。中介不得无故扣押员工的工资，只要员工付出了劳动，就可以获得劳动报酬，中介无权扣押员工的工资，如中介拒不返还，当事人可以到法院起诉中介。用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
1、克扣或者无故拖欠劳动者工资的;
2、拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的;
3、低于当地最低工资标准支付劳动者工资的;
4、解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。