没有经过员工同意扣除工时超长时加班

违反了《劳动法》规定的工作制度。国家实行每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。加班每天一般不得超过一小时，最多不能超过3小时。每天工作12小时已经违反了劳动法规定。依据《劳动法》第三十六条 国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。第三十七条 对实行计件工作的劳动者，用人单位应当根据本法第三十六条规定的工时制度合理确定其劳动定额和计件报酬标准。
第四十一条 用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
《劳动法》
第三十八条 用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。第四十二条 有下列情形之一的，延长工作时间不受本法第四十一条规定的限制：
（一）发生自然灾害、事故或者因其他原因，威胁劳动者生命健康和财产安全，需要紧急处理的；
（二）生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，必须及时抢修的；
（三）法律、行政法规规定的其他情形。第四十三条 用人单位不得违反本法规定延长劳动者的工作时间。