已经确定为安全事故的应该由谁来负责调查（企业在加工过程中因违规操作引起火灾）

首先是安监局。市级还是省级还是国家级的安监局，要看事故造成人员伤亡和财产损失的状况来决定。
其次是消防部门，同样根据上述原则。《安全生产法》第八十二条事故调查处理应当按照科学严谨、依法依规、实事求是、注重实效的原则，及时、准确地查清事故原因，查明事故性质和责任，总结事故教训，提出整改措施，并对事故责任者提出处理意见。事故调查报告应当依法及时向社会公布。事故调查和处理的具体办法由制定。事故发生单位应当及时全面落实整改措施，负有安全生产监督管理职责的部门应当加强监督检查。