您好，对于您提出的问题，我的解答是, 员工在住院期间直接进行康复科治疗，康复费用是不能进行报销的，但是住院期间的治疗费用是可以进行报销的。康复治疗是需要先向劳动能力鉴定委员会进行申请，经批准之后在指定医院进行康复治疗才能报销康复费用。
依据《社会保险法》
第三十八条因工伤发生的下列费用，按照国家规定从工伤保险基金中支付：
（一）治疗工伤的医疗费用和康复费用；
（二）住院伙食补助费；
（三）到统筹地区以外就医的交通食宿费；
（四）安装配置伤残辅助器具所需费用；
（五）生活不能自理的，经劳动能力鉴定委员会确认的生活护理费；
（六）一次性伤残补助金和一至四级伤残职工按月领取的伤残津贴；
（七）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性医疗补助金；
（八）因工死亡的，其遗属领取的丧葬补助金、供养亲属抚恤金和因工死亡补助金；
（九）劳动能力鉴定费。
第三十九条因工伤发生的下列费用，按照国家规定由用人单位支付：
（一）治疗工伤期间的工资福利；
（二）五级、六级伤残职工按月领取的伤残津贴；
（三）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性伤残就业补助金。
厦门市实施《工伤保险条例》规定
第十五条工伤职工认为需要康复治疗或者协议医疗机构建议康复治疗的，由工伤职工或者用人单位向市劳动能力鉴定委员会申请康复治疗确认；工伤职工评定伤残等级时，市劳动能力鉴定委员会确认需要康复治疗的，也可以直接转康复机构康复治疗。
市劳动能力鉴定委员会应当制定医疗康复和职业康复的标准，为康复评价提供依据。
康复机构应当制定工伤职工康复治疗方案，报经办机构核定。
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