公司只给城镇户口的缴纳住房公积金，而农村户口的不给上，这合法吗吗？

可以交，但不交也不违法。
给农村户口职工缴纳公积金不是强制的。
《上海市住房公积金管理若干规定》规定，住房公积金缴存对象为本市的国家机关、国有企业、城镇集体企业、外商投资企业、城镇私营企业及其他城镇企业、事业单位、民办非企业单位、社会团体以及与上述类型单位有劳动关系的在职职工（包括与上述单位建立劳动关系的非在编册人员、劳务型公司的劳务人员）。另外，在本市参加工作的外省市户籍职工、本市农业户口职工、个体工商户及其雇佣人员、自由职业者也可以参加本市住房公积金制度。