非甲方原因发生安全事故，责任完全由乙方负责。这句话合理吗

这句话不合理。如果是乙方单方原因造成的安全事故，可以由乙方单独承担责任；如果是非甲方主要原因，但需要甲方向乙方提供配合协助的，甲方同样需要承担责任，但责任比例不同而已。如果是第三方责任造成的安全事故，也要乙方承担就显失公平了。举个例子：
1.乙方是建设方，在甲方施工，由甲方负责提供动力或照明电力及线路，但甲方拒不提供，或提供的设备设施不符合安全标准，乙方因此造成安全事故，由乙方承担安全事故的责任就显失公平；
2.乙方是建设方，在甲方施工，由甲方负责进出甲方场地的人员识别和监管，丙方进入了乙方的施工场地造成安全事故，此时由乙方承担全部安全事故的责任显失公平。所以，安全协议书的制订应当严谨，责任划分明确，对双方都有约束力才是公平的。