商品房买卖合同的备案协议和原来的合同不冲突怎么办

尽管商品房买卖合同备案至关重要，但未经备案的话，合同不一定无效，而是要根据具体情况来区分。根据《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第六条的规定，如果合同双方约定以办理登记备案手续为商品房预售合同生效条件的，原则上要按照约定处理，也即要经过办理登记备案手续才生效，但如果合同一方已经履行主要义务，对方接受的，则即便没有登记备案也生效。比如说约定要登记备案才生效，但买房人已经支付了绝大部分房款了，那此时合同也已经生效。如果合同中未将“合同登记备案”作为合同生效条件进行约定，则按合同法规定判断该合同的效力，原则上合同有效。