你好办理合作医疗系统什么时候可以在医院查到

可以的。 新农合报销手续如下，外地就诊报销程序：
1、带患者身份证、两张一寸彩色照片、新农合医疗证到县合管办办理转诊备案手续；
2、携带患者身份证、新农合医疗证和转诊备案手续到转诊医院就医，办理新农合住院手续；
3、出院后，凭患者本人身份证(或户口本)、新农合医疗证、病历复印件、住院结算单(有的是发票形式的)、住院费用清单、转诊备案手续到合管办报销。