员工违反劳动合同，公司应当扣除员工工资吗

你好根据具体情况而定工作纠纷：发生争议之后，建议先协商，协商不成，可以搜集证据，去劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁。劳动仲裁是指由劳动争议仲裁委员会对当事人申请仲裁的劳动争议居中公断与裁决。在我国，劳动仲裁是劳动争议当事人向人民提讼的必经程序。按照《劳动争议调解仲裁法》规定，提起劳动仲裁的一方应在劳动争议发生之日起一年内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请。除非当事人是因不可抗力或有其他正当理由，否则超过法律规定的申请仲裁时效的，仲裁委员会不予受理。
首先，你要确认和单位之间的劳动关系的事实，如工资单，考勤记录，工作过程中的文件记录。
其次，确认劳动关系后，可以要求单位补缴社会保险，补发工资。第三，单位应当解除劳动合同时应当提前一个月通知劳动者，否则应当支付一个月的经济补偿金作为代通金。第四，不签订书面劳动合同支付双倍工资，自用工之日起一个月内应当签订书面劳动合同。第五，单位违法解除劳动合同，可以要求经济赔偿金，为经济补偿金的两倍。第六，如果协商不成，带好相关资料到劳动监察部门投诉，或者直接到单位所在地的劳动仲裁委提出劳动仲裁。