1、民事责任：违反保密协议首先要承担的是民事责任
民事责任又可以分为违约责任和侵权责任。雇员违反保密协议很可能同时侵犯了用人单位的商业秘密，给用人单位造成了实际损失。因此，用人单位可以要求雇员承担违反保密协议约定的违约责任，如果保密协议中约定了违约金，则用人单位可以要求违约的雇员支付违约金。如果违约金畸高或者畸低，双方可以要求适当降低或提高。用人单位也可以选择要求雇员承担赔偿损失的侵权责任。但违约责任与侵权责任不能同时适用，用人单位只能从中选择一种。
2、行政责任：侵犯用人单位的商业秘密也可能构成行政责任
根据《反不正当竞争法》的规定，工商行政管理机关有权依法责令停止违法行为，并可以根据情节处以一万元以上，二十万元以下的罚款。同时工商管理机关还可以责令侵权人将载有商业秘密的图纸、软件及其他有关资料返还权利人或销毁。
3、刑事责任：任侵犯用人单位的商业秘密还可能承担刑事责任
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